為了加快分離的時間與提高分離的效率，制備色譜的的進樣品量很大，導致制備色譜柱子的分離負荷的相應加大，也就必須加大色譜柱填料，增大制備色譜的直徑和長度，使用的相對多的流動相。

　　1、制備服務固定相的選擇

　　硅膠、鍵合固定相（如C18）、離子交換樹脂、聚酰胺、氧化鋁、凝膠等都可以作為色譜柱的填料。對填料可以進行一下處理提高了分離效果，如對硅膠進行的硝酸銀（或緩沖液）處理。

　　2、制備服務流動相的選擇

　　除了和分析色譜同樣的考慮外，在選用流動相時，要考慮色譜分離后面加有旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)等二次分離操作。一般來說不宜采用高毒性溶劑，對多元溶劑要盡可能的少用。

　　3、制備服務加樣的方法

　　可以采用以下方法之一進樣。－用注射器進樣－用旋轉(zhuǎn)閥進樣－通過六通閥進樣－通過主泵進樣－通過輔泵進樣－固體上樣

　　4、制備服務泵的選用

　　生產(chǎn)制備色譜泵的廠商很多。根據(jù)有無脈沖、能承受的最大壓力、控制的精度、售后服務等來選擇泵。

　　5、制備服務檢測器的選用

　　一般的分析池的最大允許流速僅為5 mL/min或者10mL/min。而專門的制備池的最大允許流速可為150mL/min。有時，采用旁路分離管，將少量流體導入分析池進行檢測，是一個不錯的辦法，但其濃度的誤差會相對較大。

　　6、制備服務產(chǎn)品的收集

　　手工餾分收集費時費力，自動餾分收集器有很大的方便。許多實驗室和工廠都采用了餾分收集器。